지방재정은 중앙의 재정과 유기적 관계에 있기 때문에 지방재정을 논할 때에는 정부 간 재정관계가 고려되어야 한다. 특히 지방재정조정제도는 정부 간 재정관계의 대표적인 형태로 재원보장의 기능과 재정형평화 기능이 있다. 특별교부세는 지방재정조정제도 중 하나인 지방교부세의 한 종류로서 불과 몇 년 전까지만 해도 세부내역이 공개되지 않아 투명성과 배분의 자의성에 대한 비판이 지속적으로 제기되어 왔다. 역대 정부마다 대통령의 고향 또는 득표율이 높았던 지역에 특별교부세가 특히 더 많이 배분되어 왔고, 대통령은 자신의 정책 사업을 위해 특별교부세를 이용해왔음에도 불구하고, 대통령을 중심으로 하여 특별교부세 연구가 진행된 사례는 없다. 이에 본 논문은 전국 226개 시･군･구를 대상으로, 노무현 정부부터 박근혜 정부에 배분된 특별교부세 자료를 이용하여 대통령의 정치적 영향력이 특별교부세 배분에 어떤 영향을 미치는지를 분석한다. 종속변수는 특별교부세 배분금액에 자연로그를 취한 값이며, 설명변수는 대통령의 정치적 기반 지역, 대통령 선거에서의 대통령의 지역 득표율 등 대통령의 정치적 영향력이다. 패널데이터의 단점인 이분산성과 자기상관을 통제하기 위하여 Panel GLS를 분석방법으로 사용하였다. 분석결과, 대통령의 정치적 영향력 중 대통령의 정치적 기반 지역은 특별교부세 배분에 정(+)의 방향으로 영향을 미치는 것으로 나타났다. 또한, 통제변수인 사회･경제적 요인에서 재정자립도는 부(-)의 방향, 예산대비 채무비율･인구수는 정(+)의 방향으로 특별교부세 배분에 영향을 미치는 것으로 나타났으며, 행정구역 중 군(郡)은 시(市)에 비해 특별교부세를 적게 배분 받는 것으로 나타났다. 정치적 요인 중 지자체장의 소속 정당은 정(+)의 방향, 지역 국회의원의 선수 합은 정(+)의 방향으로 특별교부세 배분에 영향을 미치는 것으로 나타났다. 환경적 요인 중 지방선거는 정(+)의 방향, 글로벌 금융위기와 ｢지방교부세법｣ 개정은 부(-)의 방향으로 특별교부세 배분에 영향을 미치는 것으로 확인되었다. 또한, 각 정부별 분석을 실시한 결과, 각 정부의 사회･경제･정치 환경에 따라 특별교부세 배분의 양상이 다름을 관찰할 수 있었다.